Ο Ιωάννης Μαχαιρίδης γεννήθηκε το 1953 στο Μπαμπαλιό Βάλτου του Νομού Αιτωλοακαρνανίας, από τους πρόσφυγες Θεοφύλακτο και Αρχόντω Μαχαιρίδη, το γένος Κανακίδη.Το 1972 τελείωσε το Παπαστράτειο εξατάξιο Γυμνάσιο Αγρινίου. Σπούδασε στην Αρχιτεκτονική Σχολή του Πανεπιστημίου της Φλωρεντίας, απ’ όπου αποφοίτησε το 1978.

Εργάστηκε ως Ελεύθερος Επαγγελματίας Αρχιτέκτονας ως το 1982, οπότε υπηρέτησε στο Υπουργείο Χωροταξίας, Οικισμού και Περιβάλλοντος ως συνεργάτης του αείμνηστου Αντώνη Τρίτση. Μέχρι τον Νοέμβριο του 1985 ήταν υπεύθυνος Τοπικής Αυτοδιοίκησης στο Υ.Χ.Ο.Π.

Διετέλεσε μέλος του Διοικητικού Συμβουλίου του Πανελληνίου Συλλόγου Αρχιτεκτόνων και της Κεντρικής Διοικούσας Επιτροπής του Επιμελητηρίου Ελλάδας, ενώ είναι μέλος του Καλλιτεχνικού Επιμελητηρίου .Έχει τιμηθεί με τον Χρυσό Σταυρό της Μεγάλης του Χριστού Εκκλησίας και με τον Χρυσό Σταυρό από τις Μητροπόλεις της Δωδεκανήσου. Έχει χριστεί Τιτουλάριος του Οικουμενικού Θρόνου, με τον τίτλο του «Άρχοντα Καστρίσιου».

Με την Τοπική Αυτοδιοίκηση ασχολήθηκε για πρώτη φορά το 1985, οπότε και διετέλεσε Νομάρχης Δωδεκανήσου, αξίωμα, το οποίο κατείχε, κατά περιόδους, μέχρι το 1994. Το 1995 χρημάτισε Περιφερειακός Διευθυντής Δωδεκανήσου και από το 1996 ως το 2002 διετέλεσε Γενικός Γραμματέας του Υπουργείου Αιγαίου.

Στις νομαρχιακές εκλογές του 2002 εξελέγη Νομάρχης Δωδεκανήσου. Επανεξελέγη τον Οκτώβριο του 2006.

Από την 1η Ιανουαρίου 2011 είναι εκλεγμένος Περιφερειάρχης Νοτίου Αιγαίου και μέλος της Διοικούσας Επιτροπής της Ένωσης Περιφερειών Ελλάδας (ΕΝΠΕ).

Είναι παντρεμένος με την παιδίατρο Ντίνα Παχύλη, και έχει δύο κόρες, την Ευστρατία, πτυχιούχο Πολιτικό Μηχανικό του ΑΠΘ, με μεταπτυχιακό στο ImperialCollege, και την Θεοφίλη, πτυχιούχο Αρχιτέκτονα Μηχανικό Αρχιτεκτονικής Σχολής του Εθνικού Μετσόβειου Πολυτεχνείου.